Sau chiến tranh Thế giới thứ hai (1945), trường lớp của họ đạo Chợ Quán bị quân đội Pháp chiếm đóng, vì thế Bà Bề trên Têrêsa Trần Thị Vân đồng ý cho Tu viện dòng Mến Thánh giá mở các lớp dạy học để học sinh được tiếp tục việc học.
Ngày 16/02/1947, trường bắt đầu hoạt động. Đến năm 1950, trường được hợp thức hóa với tên gọi “Ecole Saint Esprit” (Trường Thánh Linh).
Ngày 01/09/1957, trường được khởi công xây dựng và hoàn thành vào ngày 29/04/1961 với tên gọi “Tư thục THÁNH LINH”, tọa lạc tại số 129 Phan Văn Trị, Saigon 5.
Ngày 12/02/1976, trường “Thánh Linh” được bàn giao cho Sở giáo dục Thành phố Hồ Chí Minh. Ngày 20/11/1976, trường được đổi tên thành “Trường Phổ thông cấp I, II Ba Đình”.
Đến năm 1997, trường chính thức được mang tên “TRƯỜNG TRUNG HỌC CƠ SỞ BA ĐÌNH” (theo quyết định số 2882/QĐ-UB của Chủ tịch Ủy Ban Nhân Dân Thành phố Hồ Chí Minh ký ngày 25 tháng 10 năm 1997.
